2016年（平成28年）3月26日の北海道新幹線 新青森駅 - 新函館北斗駅間の開業時に、並行在来線としてJR北海道から経営分離された江差線の五稜郭駅 - 木古内駅間（営業キロ：37.8 km）を運営しています。旅客全列車がJR北海道函館本線の五稜郭駅 - 函館駅間に乗り入れています。そのため、指令システムおよび車両基地についてはJR北海道の施設・設備を共同使用しています。従来通り、青函トンネルを通過する全貨物列車が五稜郭ー木古内間は、道南いさりび鉄道線（旧江差線）を走行します。このために五稜郭ー木古内間の並行在来線が存続したと言っても過言ではありません。



●路線名・区間・キロ程
　道南いさりび鉄道線　　五稜郭ー木古内　 37.8 km


●軌間・電圧
　1,067mm　交流20,000V　最高速度 95 km/h

　ただし、自社車両はすべて非電化車両。


●自社車両
　JR北海道から機関換装および特別保全工事施工済みのキハ40形1700番台気動車9両 (1793, 1796, 1798, 1799, 1807, 1810, 1812, 1814, 1815) が譲渡されました。そのうち2両 (1793, 1799) については車体の塗装変更と内装の簡易改造を施工し、観光団体用の車両である「ながまれ号」となりました。残る7両は譲渡時点では車体の塗装変更は行われませんでしたが、その後順次塗装変更され一部は旧国鉄色となり活躍しています。

保有車両　9両全車が、道南いさりび鉄道発足後に塗装されたオリジナル色塗装となりました。

キハ40 1793 「ながまれ号」 [待宵藍] （2016年3月6日登場）
キハ40 1799 「ながまれ号」 [待宵藍] （2016年3月26日登場）
キハ40 1814 山吹色 [咲初] （2016年7月13日登場）
キハ40 1810 濃緑色 [夏木立] （2017年3月26日登場）
キハ40 1796 濃赤色 [豊穣] （2017年6月3日登場）
キハ40 1815 白色 [禊] （2017年8月1日登場）
キハ40 1812 山吹色 [咲初] （2017年12月4日登場）
キハ40 1807 日本国有鉄道首都圏色（2018年6月2日登場）
キハ40 1798 日本国有鉄道急行色（2019年3月17日登場）






キハ40 1799 「ながまれ号」 [待宵藍]



キハ40 1814 山吹色 [咲初]



キハ40 1796 濃赤色 [豊穣]



キハ40 1815 白色 [禊]



キハ40 1815 白色 [禊]



キハ40 1815 白色 [禊]



キハ40 1798 日本国有鉄道急行色



キハ40 1798 日本国有鉄道急行色



キハ40 1798 日本国有鉄道急行色



キハ40 1798 日本国有鉄道急行色